När det nydöpta rymdskeppet Enterprises testflygning slutar illa leder kapten Kirk och hans besättning in henne för reparationer, men ett brådskande uppdrag avbryter deras landpermission på jorden. Den avhoppade vulcanen Sybok har tagit tre ambassadörer som gisslan på Nimbus III, den galaktiska fredens planet. Denna händelse drar också till sig uppmärksamheten hos en klingonsk kapten som vill bli känd och ger sig ut för att jaga Enterprise. Syboks udda armé tillfångatar Enterprise och för henne på en resa till galaxens mitt i jakt efter det högsta väsendet.