Efter Spocks ultimata uppoffring återvänder amiral Kirk och Enterprise till jorden för att utföra nödvändiga reparationer på skeppet. När de anländer blir de chockade över att upptäcka att Enterprise ska tas ur drift. Ännu värre är att dr McCoy börjar bete sig konstigt och att Scotty har omplacerats till ett annat skepp. Kirk tvingas stjäla tillbaka Enterprise och resa genom rymden till Genesis Planet för att rädda Spock och föra honom till Vulcan. Men vad Kirk inte vet är att klingonerna planerar att stjäla Genesisanordningens hemligheter för sina egna syften.