Det är det 23:e århundradet. Federationens stjärnskepp U.S.S. Enterprise™ är ute på ett träningsuppdrag och amiral James T. Kirk (William Shatner) tycks ha förlikat sig med tanken på att detta mycket väl kan vara hans sista uppdrag i karriären. Men Khan är tillbaka. Med hjälp av en liga genetiska övermänniskor på landsflykt har Khan (Ricardo Montalban), en fascinerande överlöpare från 1900-talets jorden, anfallit rymdstationen Regula One, stulit en topphemlig uppfinning som går under namnet Projekt Genesis samt tagit kontroll över ett av Federationens stjärnskepp. Nu smider han planer på att gillra en dödlig fälla för sin gamle fiende Kirk och därmed hotas hela universum av undergång! Kirstie Alley (Cheers™) gör här sin fantastiska filmdebut.