Efter fem år avslutar regeringen utredningarna om utomjordisk verksamhet, och Dana Scully och Fox Mulder får återgå till "vanliga" FBI-utredningar. Men under utredningen av ett bombdåd i Dallas upptäcker de den ena ledtråden efter den andra som pekar mot en hemlig konspiration för att hemlighålla utomjordisk aktivitet i Texas. Mulder och Scully riskerar både sina karriärer och liv för att forska vidare...