Handlingen i "Cube Zero" utspelar sig innan den första filmen om detta kubiska tortyrredskap. Historien kretsar kring en ung nyanställd på företaget som inte vill hjälpa till att plåga fångarna i "The Cube". Dessutom hittar han hemlig information som skvallrar om en av fångarna faktiskt inte har skrivit på något medgivande för att sättas i kuben. Han beger sig därför frivilligt själv in i kuben för att hjälpa kvinnan att hitta ut.