I det antika Japan, på en klippa högt ovan havet, bor en pojke vid namn Kubo. Den streetsmarte och godhjärtade rackarungen lever ett enkelt liv, och roar sig med att förgylla tillvaron för byns övriga invånare genom att berätta sagor med hjälp av papperskonsten origami. Den lugna tillvaron slås i spillror när Kubo av misstag väcker en ande från det förgångna till liv.