Salaperäinen valtikka lähettää Turtlesien ystävän, April O'Neilin, ajassa taaksepäin, vuoden 1603 Japaniin. Leonardo, Donatello, Michelangelo ja Raphael lähtevät pelastusretkelle, mutta laskelmien mukaan heillä on vain 60 tuntia aikaa ennen kuin aikajatkumo sulkeutuu!
Perillä nelikolle selviää, että April on vangittuna julmuudestaan tunnetun Lordi Norinagan palatsissa. Aikaa ei ole hukattavaksi, ja jos tehtävä epäonnistuu, jäävät Turtlesit jumiin keskiajalle.