Pizzannälkäiset vihreät ystävämme joutuvat tällä kertaa jahtaamaan mystistä Mönjää, joka aikoinaan muutti heidät tavallisista kilpikonnista mutanteiksi. Mönjän perässä on myös Turtlesien pahin vihollinen, superroisto Silppuri. Hän suunnittelee maailmanvalloitusta, ja yrittää Mönjän avulla luoda itselleen mutanttiarmeijan. Tämähän ei tietenkään käy, joten Turtles-nelikko syöksyy kohti kaikkien aikojen kamppailua.