Chan Wing-Yan erotetaan poliisikoulusta järjestäytyneeseen rikollisuuteen kytkeytyvien sukulaistensa vuoksi. Mutta poliisijohtaja näkee hänessä mahdollisuuden ja tarjoaa Wing-Yanille töitä peitetehtävissä. Samaan aikaan poliisivoimiin liittyy myös Ming, jolla on vielä vahvemmat kytkökset mafiaan. Infernal Affairs II on vaikutusvaltaisen trilogian toinen osa, joka kertoo ensimmäiseen elokuvaan johtavan tarinan.