I 50-talets Mexico City lever William Lee ett ensamt liv bland andra exilamerikaner. Han fördriver tiden på barerna tills en dag då den unge exmilitären Eugene Allerton anländer. Lee blir besatt. Tiden för korta möten är över, nu vill han ha någon som ger mening till hans liv! Queer är ett drama om kärlek och missbruk, baserad på William S. Burroughs stilbildande roman med samma namn.