Viiden vuoden työn jälkeen hallitus päättää lopettaa salaisten kansioiden kokoamisen. Dana Scully ja Fox Mulder joutuvat palaamaan takaisin tavallisten FBI-tutkimusten pariin. Dallasin pommi-iskun tutkinta tuottaa kuitenkin johtolankoja, jotka viittaavat salaliittoon, jonka tarkoituksena on pimittää paranormaalin toiminnan olemassaolo. Mulder ja Scully laittavat uransa ja henkensä likoon tutkiakseen asiaa...