Nuori Sam Flynn on etsinyt jäljettömiin kadonnutta isäänsä Keviniä jo kauan, kun hän yllättäen saa isältään viestin salaisesta digitaalisesta maailmasta. Kevin on elänyt digitaaliuniversumissa jo vuosia, koska ei ole päässyt pakenemaan itse luomastaan maailmasta, jonka koneet ja ohjelmat ovat nyt ottaneet valtaansa. Yhdessä Samin ja uskollisen ystävänsä Quorran kanssa Kevinilla on viimein mahdollisuus jättää luomansa maailma taakseen.