Ethan Hunt ja hänen IMF-tiiminsä tarttuvat tähän mennessä vaarallisimpaan tehtäväänsä: heidän on pakko jäljittää koko ihmiskuntaa uhkaava, uudenlainen tuhoase ennen kuin se joutuu vääriin käsiin. Alkaa tappava kilpajuoksu ympäri maapalloa. Pelissä on se, kuka kontrolloi tulevaisuutta ja maailman kohtaloa. Samalla synkät voimat Ethanin menneisyydestä lähenevät. Kohdatessaan mystisen, kaikkivoivan vihollisen Ethan joutuu hyväksymään, ettei mikään voi merkitä enempää kuin tämä tehtävä – eivät edes hänelle tärkeimpien ihmisten henget.