Nuori Kubo on elänyt äitinsä kanssa paossa jo vuosia, mutta rauhaisan rannikkokylän elo on pitänyt samurai-isäänsä perustuvia tarinoita rakastavan pojan tyytyväisenä. Vaan kun eräänä päivänä paha kuukuningas löytää viimein pojan ja usuttaa tämän perään ilkeät sisarukset, tempautuu Kubo uuteen taianomaiseen maailmaan, jossa tarujen pedot, olennot ja muut jumalat näyttäisivät olevan totisinta totta.