Kong ja sen suojelijat lähtevät vaaralliselle matkalle löytääkseen Kongin oikean kodin. Heidän mukanaan on nuori orpotyttö Jia, jonka kanssa Kong on muodostanut vahvan ja ainutlaatuisen yhteyden. Matkan varrella he yllättäen kohtaavat kuitenkin hurjistuneen Godzillan, joka kylvää tuhoa ympäri planeettaa. Titaanien taistelu - joka saa alkunsa odottamattomalta taholta - on vasta alkua mysteerille, joka lymyää syvällä maapallon ytimessä.