Salaperäinen, mustiin pukeutunut pyssymies El Topo ratsastaa poikansa kanssa autiomaassa. Heidän päämääränsä ei ole itsestään selvä eikä heidän kohtalonsa ennalta määrätty. He saapuvat pieneen kylään, jonka asukkaat ryöstäjät ovat tappaneet. El Topo päättää kostaa, ja lisää verta virtaa. Mutta tämä on vasta ensimmäinen julmista tapahtumista heidän matkallaan.