Det har gått två år sedan Stuart flyttade in hos familjen Little. Men även om Stuart stortrivs, längtar han ändå efter att få en alldeles egen vän. Så när en skadad fågel vid namn Margalo plötsligt landar i Stuarts bil och berättar att hon hotas av den onde Falken, låter Stuart henne flytta in hos familjen Little. Men då Margalo försvinner under mystiska omständigheter, ger sig Stuart och katten Snowbell ut på en halsbrytande och hårresande färd för att hitta henne och lösa mysteriet.