Under en tornado i vattnet söder om Boston blir Joe Randall fascinerad av det ovanliga vädret men inser snart att det inte är någon vanlig storm. När tornadon flyttar sig inåt landet befinner sig plötsligt medborgarna i Boston fångade mitt i en dödlig storm. Med staden under belägring inser Joe, hans syster Maddy och hans gamla kollega Lee att de har att göra med ett aldrig tidigare sett väderfenomen som kallas Stonados.