Strandsatta i en ödelagd stad, upptäcker gänget att det kryllar av flygande tefat och utomjordingar. Men snart händer någonting ännu underligare för Scooby och Shaggy. Båda två blir djupt förälskade. Mysteriet leder till en forskningsbas och ett enormt nätverk av grottor som är gömda under staden. Våra hjältar som är förblindade av kärlek får tillsammans med resten av gänget ett tufft mysterium att lösa.