Varje samuraj har en herre som han är totalt lojal mot. I Ghost Dogs fall är det Louie, en underhuggare i den italienska maffian. Ghost Dog utför massor av torpedjobb åt Louie, men när något går snett får Louie i uppdrag att gör sig av med Ghost Dog. Ghost Dogs enda chans är att utradera hela maffiafamiljen.