Efter störande av den allmänna ordningen och en brutal attack på fängelsedirektören placeras Nami Matsushima i isolering. När en inspektör kommer till fängelset för att se så att allt går rätt till tas Nami temporärt ut ur sin cell, men hon tar tillfället i akt och genomför en ny attack mot direktören. Han i sin tur beordrar hämnd genom sina vakter, och när den upproriska stämningen når sin topp ser Nami en möjlighet hon måste ta vara på. Female Prisoner Scorpion: Jailhouse 41 är den andra filmen i Shunya Itōs omtalade filmserie.