Fyra århundraden efter att ett virus nästan utplånade mänskligheten och endast lämnade fem miljoner överlevande i den utopiska staden Bregna kämpar Aeon mot Goodchild-regimen som leds av dess namne, Trevor Goodchild, Bregnas härskare och ättling till den man som hittade ett botemedel mot det dödliga viruset. Enligt instruktionerna ska Aeon mörda Goodchild, men det finns mörka hemligheter att avslöja och konspirationer att stoppa.