Det är 1868 och ett mystiskt "sjöodjur" har under en tid attackerat och sänkt fartyg utanför den amerikanska kusten, och fartyget Abraham Lincoln får i uppdrag att kontrollera och förgöra odjuret. Även Abraham Lincoln blir dock attackerat och sjunker, men tre av passagerarna överlever, och tas omhand av kaptenen på det som i själva verket är ubåten Nautilus, Kapten Nemo. Han tar dem till fånga, för att ta dem på en resa jorden runt i sin ubåt, och visa dem att det finns en bättre värld än den ovanför ytan.