Det hela börjar med att en magisk spira transporterar deras goda vän April genom tid och rum, ända till samurajernas Japan. Leonardo och gänget ger sig genast av efter henne, och måste nu besegra den elake Lord Naringa för att rädda den inspärrade April och återta spiran som lorden kommit över. Annars lär de bli fast i medeltida Japan i eviga tider. Och där finns ju inte ens några pizzerior…