Møt den nye pokémonen, Celebi, som har evnen til å reise i tiden. Vicious, den framtidige etterkommeren til James og Jessie i Team Rocket, reiser tilbake i tiden for å lage kaos og ødeleggelse, og nå gjelder det for den unge Ash, Pikachu og venner å sette en stopp for ødeleggerens framferd. Under reisens gang fortsetter Ash å utvikle seg til den uovervinnelige pokémon-treneren han blir i framtiden.