I en framtid og et univers der menneskeheten befinner seg på bunnen av næringskjeden, beordrer universets dronning at Jupiter Jones, en ung menneskekvinne skal henrettes. Jupiters blotte eksistens truer dronningens suverene styre, og hun må straks ryddes av veien. Men morderne rekker ikke før den genetisk modifiserte soldaten Caine, som leter opp kvinnen hvis genetiske signatur kan forandre balansen i universet.