Etter å ha forstyrret offentlig orden og et brutalt angrep på fengselsdirektøren, blir Nami Matsushima plassert i isolat. Når en inspektør kommer til fengselet for å forsikre seg om at alt er som det skal, blir Nami midlertidig tatt ut av cellen, men hun griper muligheten til å starte et nytt angrep mot direktøren. Han på sin side beordrer hevn gjennom vaktene sine, og når den opprørske stemningen når sitt høydepunkt, ser Nami en mulighet hun må gripe. Female Prisoner Scorpion: Jailhouse 41 er den andre filmen i Shunya Itōs anerkjente filmserie.