En mystisk, svartkledd revolvermann, El Topo, rir gjennom ørkenen med sønnen sin. Målet deres er ikke selvsagt, og skjebnen deres er ikke gitt. Turen stanser når de kommer til en liten landsby, plyndret av banditter som slaktet innbyggerne. El Topo bestemmer seg for å ta hevn, og enda mer blod skal komme til å strømme. Men dette er bare den første av en rekke brutale hendelser på reisen deres.