On kulunut kaksi vuotta siitä, kun Stuart-hiiri muutti asumaan Littlen perheen luo. Vaikka Stuart viihtyykin mainiosti ihmisperheen luona, kaipailee hän välillä sydänystävää, jonka kanssa jakaa elämän ilot ja surut. Eräänä päivänä loukkaantunut lintu tipahtaa taivaalta ja kertoo, että paha haukka vainoaa häntä. Voipuneen linnun nimi on Margalo. Stuart pyytää Margaloa asumaan kotiinsa, johon lintu suostuu kiitollisena. Mutta sitten Margalo katoaa salaperäisesti. Stuart ja talon laiskanpulskea kissa Snowbell lähtevät vaaralliselle matkalle selvittääkseen mistä oikein loppujen lopuksi on kysymys!