On 2200-luku. Federaation tähtienvälinen alus U.S.S. Enterprise™ tekee rutiininomaisia liikeharjoituksia. Amiraali James T. Kirk (William Shatner) tuntuu hyväksyneen sen, että tämä tarkastus voi hyvinkin olla hänen uransa viimeinen avaruustehtävä. Mutta Khan on palannut. Apunaan Khanilla ovat maanpakoon karkotetut geneettiset supermiehet. Khan (Ricardo Montalban) – 1900-luvun maan terävä-älyinen lainsuojaton – on hyökännyt Regula One -avaruusasemalle, varastanut huippusalaisen laitteen, jonka nimi on Project Genesis, kaapannut Federaation toisen aluksen ja aikoo nyt virittää kuolettavan ansan arkkiviholliselleen Kirkille... ja universuminlaajuisen tuhon uhka leijuu kaiken yllä! Elokuvassa nähdään myös Kirstie Alley (Cheers™) tämän häikäisevässä elokuvadebyytissä.