Kun Justice League katoaa ja konnat valtaavat Metropolisin kaupungin, on vain yksi tiimi joka voi selvittää tilanteen: Scooby-Doo ja Mysteeripoppoo! Kaupungissa on kuitenkin uusi koira - Krypto - Supermanin Superkoira supervoimineen. Mysteeripoppoo tarvitsee kaiken avun kummitusten riehuessa Justice Leaguen päämajassa. Onko Lex Luthor muuttunut hyvikseksi? Vai liittoutunut Jokerin ja Harley Quinnin kanssa? DC:n superpahikset ovat ennenkin ottaneet mittaa Supermanista, mutta tällä kertaa vastassa on hommiin puuttuva jengi kakaroita!