Tokiolaisessa museossa herra Takagawa ja vahtimestarina toimiva Kenji pääsevät todistamaan Mustan samurain ylösnousemusta. Muinaisen soturin varusteet olivat museon viimeisimmän näyttelyn vetonaula. Tapausta seuraavana päivänä Scooby Doon jengi saapuu Tokioon, jossa Daphnen on tarkoitus osallistua kamppailu-urheilukilpailuun. Yöllisen juhlan aikana Musta samurai ninjoineen hyökkää kuitenkin kisapaikalle?