Kadonneen arkin metsästäjät -elokuvan tarina jatkuu! Eläinkunnan edustajat seilaavat arkissa keskellä merta, eikä maata ole näkyvissä. Ruoka alkaa käydä vähiin ja eläinten välinen rauha alkaa rakoilla. Kun parhaat kaverukset Finny ja Leah lentävät vahingossa laidan yli, alkaa hurja seikkailu, johon liittyy tulivuori ja salainen siirtokunta! Selviääkö karvakaksikko tästä kaikesta ehjin nahoin?