Sarja tapahtuu Edo-kauden Japanissa, jossa vallitsi hauras rauha, josta oli maksettu verinen hinta. Tarina kertoo vaeltavan Ninja-palkkasoturin, Jubei Kibagamin, elämästä. Hiruko-klaani, joka on tuomittu elämään ja kuolemaan pimeässä, suojelee pyhää Lohikäärmekiveä. Vastassaan heillä on Kimon-klaani, joka on päättänyt herättää Toyotomin voiman henkiin saadakseen haltuunsa lohikäärmekiven ja sen aarteen.