Vapaaottelija Cole Young, joka on tottunut ottamaan turpiin rahasta, ei tiedä koko totuutta taustastaan — eikä sitä, miksi Outworldin keisari Shang Tsung on lähettänyt parhaan soturinsa Sub-Zeron jahtaamaan Colea. Pian Cole huomaa päätyneensä lordi Raidenin temppeliin. Siellä häntä valmentavat kokeneet soturit Liu Kang, Kung Lao sekä itsenäinen palkkasoturi Kano hänen valmistautuessaan kamppailemaan Maan mahtavimpien mestarien rinnalla Outworldia vastaan taistelussa, jossa pelissä on universumin herruus.