Nami Matsushima aiheuttaa yleisen järjestyshäiriön ja hyökkää julmasti vankilanjohtajan kimppuun, minkä seurauksena hänet viedään eristysselliin. Kun tarkastaja saapuu vankilaan varmistaakseen, että kaikki sujuu määräysten mukaan, Nami siirretään väliaikaisesti pois eristyksestä. Silloin hän tarttuu tilaisuuteen ja hyökkää uudelleen vankilanjohtajan kimppuun. Johtaja kuitenkin kostaa Namille vartijoidensa kautta, ja kun kapinamieli saavuttaa huippunsa, Nami näkee tilaisuuden, johon hänen on tartuttava. Female Prisoner Scorpion: Jailhouse 41 on Shunya Itōn arvostetun elokuvasarjan toinen elokuva.