Dark Samurai ammentaa inspiraatiota Miyamoto Musashin, kuuluisan japanilaisen roninin ja soturifilosofin, elämästä. Visuaaliselta ilmaisultaan abstrakti japanilainen tulkinta Romeosta ja Juliasta sijoittuu yakuza-alamaailman ajattomaan todellisuuteen sekä hypnoottiseen samurai-tuonpuoleiseen. Elämän, kuoleman, jälleensyntymän ja tuonpuoleisen halki virtaava elokuva tarkastelee Musashin sirpaloitunutta mieltä tämän yrittäessä pitää kiinni viimeisestä asiasta, joka hänellä on vielä jäljellä: kuolemattoman rakkauden haihtuvasta muistosta. Yakuza-samuraille tällainen rakkaus on ehdottomasti kiellettyä ja siitä aiheutuukin katastrofaalisia seuraamuksia.