Cube Zero sijoittuu aikaan ennen ensimmäistä Cube-elokuvaa. Tarinan päähenkilö on uusi, nuori työntekijä, joka ei halua osallistua Cube-vankien kiduttamiseen. Hän löytää salaista tietoa, josta paljastuu, että vangit eivät olekaan antaneet suostumustaan kuutioon vangitsemiseen. Siksi hän menee vapaaehtoisesti kuutioon...