Peukalo-Liisa on pienenpieni tyttö, joka asuu Twillerbees-kansan taianomaisessa maailmassa, piilossa luonnonkukkien siimeksessä. Hemmotellun Makena-tytön saadessaan päähänsä riuhtaista maasta kimppu kukkia, joutuu Peukalo-Liisa ystävineen prameaan kaupunkiasuntoon. Siellä he saavat tietää rakennussuunnitelmista, jotka uhkaavat tuhota Twillerbees-kansan maan! Luonnon taikavoimat apunaan Peukalo-Liisa aikoo osoittaa, että pienimmälläkin ihmisellä voi olla suuri merkitys.