Mullistavan teknologia avulla Callum Lynchin muistiin on tallentunut hänen esi-isänsä, Aguilarin tapahtumat 1400-luvun Espanjassa. Callum elää kahdessa eri aikakaudessa ja hänelle paljastuu hänen kuuluneen mystiseen salaseuraan, assassiineihin eli salamurhaajiin. Keräämiensä uskomattomien tietojensa ja taitojensa avulla hän uhmaa nykyhetkessä vaikuttavia temppeliherroja.