Elisabetin aikaiseen Englantiin sijoittuva Anonymous pohtii aihetta, joka on kiehtonut tutkijoita jo vuosisatojen ajan: kuka todella oli William Shakespearen näytelmien takana? Anonymous tarjoaa tähän yhden mahdollisen vastauksen. Elokuvassa liikutaan aikakaudella, jolloin salamyhkäinen poliittinen juonittelu, hovin kielletyt romanssit ja 
vallanahneiden aatelisten salajuonet paljastuivat mitä epätodennäköisimmässä paikassa: Lontoon näyttämöillä.