Thomas bliver sendt til Blåbjergets stenbrud for at hjælpe de smalsporede damplokomotiver, som arbejder på at ordne de problemer, som er opstået. Under arbejdet opdager Thomas et mystisk lille grønt lokomotiv, som gemmer sig i tunnelerne, og han bestemmer sig for at opklare mysteriet. Det viser sig at være sværere end han havde troet at komme frem til sandheden, og spørgsmålet er om Thomas vil kunne hjælpe sin nye ven, eller om det lille lokomotiv bliver nødt til at forlade Sodor for evigt?