I det feudale Japan under Edo-perioden, var der en tid med skrøbelig fred købt med blod. Serien skildrer Jubei Kibagamis liv, da han tager rundt i landet og tilbyder sine tjenester som Ninja. En klan, Hirukoklanen, dømt til at leve og dø i mørke, vogter over den hemmelige Dragesten. Kimonklanen, er på den anden side fast besluttet på at genoplive Toyotomis kraft og få fat i Dragestenen, og den skat den gemmer på.