I det feodala Japan under Edoperioden, var det en tid av ömtålig fred köpt med blod. Serien skildrar Jubei Kibagamis liv när han drar runt i landet och erbjuder sina tjänster som lejd Ninja. En klan, Hirukoklanen, dömda att leva och dö i mörker, skyddar den heliga Drakstenen. Kimonklanen, å andra sidan är fast beslutna att återuppliva Toyotomis kraft och komma åt Drakstenen och skatten den gömmer.