Hellboy föddes i helvetets flammor för 60 år sedan, under andra världskriget. Han fördes till jorden av den onde och galne Grigori Rasputin för att begå ondskefulla handlingar. Meningen var att han ska förebåda jordens undergång, men Hellboy räddas av de allierade styrkorna under ledning av Professor Broom, grundare av den underjordiska rörelsen B.P.R.D.