Genom banbrytande teknik som låser upp Callum Lynchs genetiska minnen han får uppleva hans förfader Aguilars äventyr i 1400-talets Spanien. Callum upptäcker att han härstammar från ett mystiskt och hemligt sällskap, Assassinerna, och erhåller kunskap och förmågor för att ta sig an den grymma och kraftfulla Tempelherreorden i nutid.