I den andra delen av "The Maze Runner" står Thomas och hans gäng inför en ännu större utmaning när de ska ta reda på allt om organisationen WCKD. De befinner sig nu i ett öde landskap kallat "the Scorch", fyllt av dödliga hinder. Här slår de sig ihop med motståndsrörelsen och kämpar tillsammans mot WCKDs tunga armé. Men kanske är det för sent för att stoppa dem och deras fruktansvärda planer...