Sköldpaddorna tror att deras fiende Shredder är död sedan han fallit i sopkrossen i slutet av föregående film. Fotklanen har fått reda på deras gömställe i kloakerna och därför bor de tillfälligt hos journalisten April i jakten på ett nytt tillhåll. Shredder återvänder och muteras till Super-Shredder. En slutgiltig strid dem emellan äger rum i hamnen och sköldpaddorna undkommer med nöd och näppe.