Det hele begynner med en at en magisk spire transporterer deres gode venn April gjennom tid og rom, helt til samuraienes Japan. Leonardo og gjengen drar med en gang etter henne, og må nå beseire den onde Lord Naringa for å redde April og ta tilbake spiren som lorden har kommet over. Ellers blir de fanget i middelalderens Japan for godt. Og der fins det ikke engang pizzeriaer...