Etter å ha utfordret en slem drage, befridd en vakker prinsesse og reddet sine svigerforeldres kongerike, hva skal et sumptroll så gjøre? Shrek lever et rolig familieliv men savner tiden som ?ordentlig? sumptroll. Han lures til å inngå en avtale med en skøyer ved navn Rumleskaft for å få tilbake litt av sitt gamle liv. Helt plutselig befinner Shrek seg i en skrudd, annerledes verden: Rumleskaft er konge, Shrek og Fiona har aldri truffet hverandre m.m. Nå må Shrek gjøre alt han har gjort ugjort for å få allting på sin rette plass igjen.